水肥一体化运行维护的关键首先是整个管道系统维持低的恒压，需要配置质量好的变频控制器、变频水泵，以维持整个灌溉系统稳定的压力供应。其次是整个滴灌系统防止堵塞问题，使用自清洁的压力补偿抗堵塞滴头，提高滴灌均匀度。保证每次灌溉前半小时滴灌后，再进行管道化施肥，施肥停止后，待管道液肥滴完后，需再进行半小时灌溉，确保肥清洗干净。

草莓施肥要少量多次，注意肥料元素拮抗。过滤器要定期清洗，滴完肥要用清水再滴最少20分钟，防止管口营养过多长青苔堵塞管道，规模大的可以装一个自动反清洗过滤器。如果灌溉水有很多砂石建议安装砂石分离器，如果水源含有大量有机物建议安装介质过滤器，目的都是减小堵塞可能性。

水肥一体化设备灌溉施肥的程序分3个阶段：第一阶段，选用不含肥的水湿润；第二阶段，施用肥料溶液灌溉；第三阶段，用不含肥的水清洗灌溉系统。

膜下滴灌，即把滴灌管(带)布置在膜下，效果更佳。另外滴灌由于操作方便，可实行高频灌溉，且出流孔很小，流速缓慢，每次灌水时间比较长，土壤水分变化幅度小，故可控制根区内土壤能够长时间保持在接近于最适合蔬菜、花卉等生长的湿度。由于控制了室内空气湿度和土壤湿度，可明显减少病虫害的发生，进而又可减少农药的用量。